Beheer microorganismen

2017-12-29T11:07:15Z

Pieter-Jan Haas:

==Protocol ten behoeve van beheer lokale LIMS micro-organismen database==
Voor het up-to-date houden van de lokale LIMS micro-organismen database van een MML en het voorkomen van vervuiling van deze database is het noodzakelijk een aantal criteria aan te houden voor het beheer van deze database.

Voor het toevoegen van een micro-organisme aan de LIMS database geldt het volgende:

1. Controleer of het micro-organisme terug te vinden is in de Nederlandse Nictiz-SNOMED-CT database (Dutch microorganism simple reference set) op de website: terminologie.nictiz.nl. Kies onder Terminologie voor SNOMED-CT.
[[Image: screen.png| screen.png]]

Zoek het micro-organisme op en controleer of het onderdeel uitmaakt van de Dutch microorganism simple reference set en controleer of er geen synoniem vermeld wordt die mogelijk al bekend is in de lokale database.
Het m.o. mag worden toegevoegd aan de LIMS database.
NB: indien het om een naamsverandering gaat, besluit dan gelijk wat te doen met de oude naam. De volgende opties zijn mogelijk:
*De oude naam blijft in het systeem, maar wordt inactief gemaakt. De nieuwe naam wordt aan de database toegevoegd.
*De oude naam wordt aangepast in de nieuwe naam.
*De oude naam blijft gehanteerd maar er wordt wel de juiste SNOMED-CT code aan gekoppeld, zodat naar ISIS-AR de nieuwe naam wordt gecommuniceerd.

2. Als het micro-organisme niet terug te vinden is, controleer dan het bestaan van dit micro-organisme op dsmz.de en/of de bacterio.net. Voor een gist/schimmel kan de website mycobank.org geraadpleegd worden.
Is het micro-organisme hier terug te vinden, dan kan deze worden toegevoegd aan de LIMS database. Controleer of het organisme onder een synoniem wel bekend is in SNOMED-CT.
Stel de beheerders van Nictiz op de hoogte van het ontbreken van het m.o. in de Dutch microorganism simple reference set of van de voorkeursnaam als deze wel als synoniem aanwezig is. Zij zullen dan zorgen dat het m.o. wordt toegevoegd en een SNOMED-CT code krijgt.

3. Is het m.o. niet terug te vinden op genoemde websites, leg het m.o. dan aan de verantwoordelijke microbioloog voor, zodat deze kan beslissen wat er mee gedaan moet worden. Indien deze wil dat dit MO wordt opgenomen, dan wordt deze wens voorgelegd aan de beheerorganisatie. Indien akkoord, dan kan de Snomed-CT code door de beheerder worden aangevraagd en wordt het MO toegevoegd aan de Dutch microorganism simple reference set.

Voor het beheren/real-time up-to-date houden van de LIMS database geldt het volgende:
*Ieder half jaar wordt er een nieuwe SNOMED-CT release uitgebracht met de bijbehorende Nederalandse subset. Bij deze release zit ook informatie over de wijzigingen die hebben plaatsgevonden t.o.v. de vorige release. Controleer deze informatie op wijzigingen in naamgeving van m.o.’s en voer deze door in de LIMS database.
*Bij iedere update van de maldi-tof database wordt er aangegeven wat er veranderd is en of er nieuwe organismen zijn toegevoegd of gewijzigd. Deze informatie moet worden verstrekt aan de beheersorganisatie, zodat deze eventuele benodigde aanpassingen van de Dutch microorganism simple reference set kan doorvoeren.

Beheer microorganismen

2017-12-29T11:01:50Z

2017-12-13T12:32:00Z

Pieter-Jan Haas: /* Materialen */

2017-12-13T12:27:16Z

Pieter-Jan Haas: /* Materialen */

{{underconstruction}}
==Eenheid van taal microbiologie==

In de door Nictiz gepubliceerde white paper 'Hoe plukt u de vruchten van LOINC,
SNOMED CT en UCUM? <ref>[https://www.nictiz.nl/publicaties/whitepapers/hoe-plukt-u-de-vruchten-van-loinc-snomed-ct-en-ucum]</ref>' wordt beschreven waarom en wanneer LOINC, SNOMED-CT en UCUM gebruikt worden in de communicatie van laboratorium orders en resultaten.
Naast de keuze voor deze terminologie stelsels heeft de Eenheid van taal groep ook afspraken moeten maken hoe deze codeerstelsels gebruikt dienen te worden om te komen tot zogenaamde codeerconventies. Dit heeft met name te maken met de relatief grote keuzevrijheid die LOINC nog biedt. Bij het maken van die keuze is altijd het uitgangspunt geweest dat met de codeset eenduidig en ondubbelzinnig de in Nederland gebruikte testen kan worden gecodeerd. De combinatie van LOINC en SNOMED-CT wordt voor internationale samenwerking de meest voor de hand liggende keuze geacht op dit moment. De combinatie is nog nergens echt uitgekristalliseerd maar ook internationaal wordt gezocht naar harmonisatie tussen de twee stelsels.

Een labcode bestaat uit uit een LOINC en SNOMED-CT code eventueel gespecificeerd met een methode en een uitslag verzameling. LOINC en SNOMED codes zijn numerieke codes. In laboratorium systemen wordt veelal gebruik gemaakt van lokale codes omdat deze codes vaak direct door gebruiker leesbaar dienen te zijn. Men dient zich te allen tijde te realiseren dat EvT, en daarbij het gebruik van labcodes, gaat over eenduidige communicatie tussen laboratoria onderling of tussen laboratoria en andere zorgverleners. EvT gaat nadrukkelijk niet over inrichting van processen en van systemen binnen de muren van het laboratorium. Er dient daarom een mapping plaast te vinden van lokale codes naar de correcte overeenkomende labcode. Vanzelfsprekend kan een mapping slecht plaats vinden wanneer de informatie daadwerkelijk in het Laboratorium Infromatie Systeem aanwezig is. Om het kiezen van de juiste labcode te ondersteunen heeft de Eenheid van taal werkgroep een set samengesteld met de labcodes van de in Nederland uitgevoerde laboratoriumbepalingen. Deze is beschikbaar via http://labterminologie.nl. Deze codes zijn geselecteerd obv een aantal afspraken (codeerconventies) die gemaakt zijn in overleg met inhoudsdeskundigen.

Om laboratoria te ondersteunen bij hun lokale mapping volgt hier een beschrijving van de codeerconventies. De totale set aan condeerconventies hebben betrekking op zowel de Kinische Chemische als Microbiologische labcodes. In dit document zal de focus liggen op de microbiologie.

==Coderen van laboratorium onderzoek==

===LOINC codes===
De LOINC codes worden gedefinieerd over verschillend assen. Een uitgebreide beschrijving van deze assen is te vinden in de 'LOINC user-guide' op http://www.loinc.org . Hier volgt een korte omschrijving van de belangrijkste assen waarbij er expliciet ingegaan wordt op de voor Nederland gemaakt keuzes.

====De loinc code====
De loinc code is een uniek vaste code die de volledige naam van het laboratorium onderzoek uniek identificeert. De loinc code heeft geen structuur. De loinc code wordt gebruikt in elektronische systemen en berichten.

De volledige naam ("long common name" in het Engels) van een test of observatie bevat vijf of zes elementen; De component of analiet (bv, amoxicilline, hepatitis A antistoffen.IgG), de eigenschap (property) (bv, gevoeligheid, analiet concentratie), Tijdsaspect van de meting (bv, is het een enkele meeting of over een periode), het systeem of monster (bv urine, bloed), de schaal (bv, kwalitatief, kwantitatief, nominaal), methode (indien relevant bv, EIA, immunoblot)

====Component(Analiet)====
De component beschrijft de daadwerkelijk gemeten grootheid. De component bestaat zelf weer uit verschillende onderdelen die de component verder specificeren (bv, een specifieke subklasse bij antilichamen, na vaccinatie). Een verdere beschrijving van de grammatica en de verschillende onderdelen van de component is terug te vinden in de LOINC gebruikers gids.

====Soort Eigenschap (Property)====
De eigenschap (property) beschrijft in wat voor een soort hoeveelheid de test gemeten wordt. Wanneer een bepaalde component op verschillende manieren gemeten kan worden dan wordt het onderscheid beschreven door de eigenschap van een LOINC-code. als voorbeeld; De concentratie van een bepaald analiet kan bijvoorbeeld gemeten worden als massa concentratie (ug/mL), stof concentratie (mol/L), of arbitraire concentratie (Units/L). Het onderscheid tussen deze LOINC's met dezelfde component wordt gemaakt met door de 'property' (MCnc, SCnc en ACnc respectievelijk). Veelal wordt de keuze van property lokaal (nationaal) bepaald. bv creatinine concentratie in bloed wordt in Nederland gemeten in umol/L (stof concentratie) terwijl dat in de VS mg/dL (massa concentratie) is. In Nederland en de VS worden dus verschillende LOINC codes gebruikt voor de test om creatinine te meten. De resultaten van de verschillende tests kunnen ook niet zomaar met elkaar vergeleken worden. Belangrijke 'properties' in de microbiologie zijn bv Prid, Susc en PrThr
Prid (Presence or identifier) wordt gebruikt voor microbiologische kweken. Hiermee kan de aan-/afwezigheid van een organisme gerapporteerd worden en indien aanwezig ook welk oranisme het is (identifier)
Susc (Susceptibility) wordt gebruikt om een gevoeligheid voor antibiotica te meten
PrThr (Presence/threshold) wordt gebruikt om de aan- of afwezigheid aan te geven ook als die gebasseerd is op een interne cutt-off. (bv, moleculaire diagnostiek).
Een uitgebreide beschrijving van de verschillende 'properties' is terug te vinden in de LOINC gebruikersgids.

====Tijd====
Het tijdsaspect wordt gebruikt om aan te geven of een meting op een enkel tijdspunt plaastvindt (Pt, point in time) of dat er over een tijdsperiode gemeten wordt. In de microbiologie zal dit nagenoeg altijd een puntmeting zijn.

====Systeem====

Het systeem is datgene waarop of waarin een observatie gedaan is. Dat kan een materiaal zijn zoals serum bij antistof bepaling maar het kan ook de patient zijn zoals bij een bloeddrukmeting. Loinc definieert vele verschillende soorten systemen. Door die verschilende systemen zou er en wildgroei aan nieuwe loinc codes ontstaan omdat in test die in vele materialen uitgevoerd kan worden voor ieder materiaal een nieuwe loinc-code zou krijgen. Dat is om verschillende redenen onwenselijk. Ten eerste beteken verschillende loinc codes dat de inhoudelijke waarde van de verschillende testen verschilt en dat je de resultaten niet met elkaar mag vergelijken. Het moge duidelijk zijn dat een ''E. coli'' geisoleerd uit urine een een ''E. coli'' geisoleerd uit een wond niet van elkaar verschillen (let op het gaat hier om het resultaat van de test niet om de klinische interpretatie). Het zou daarom logische zijn dat beide testen de (bloedkweek en urinekweek) dezelfde loinc code zouden krijgen. Een tweede rede is dat met name in de microbiologie dat een bacteriele kweek in bijna een oneindig aantal verschillende materialen uitgevoerd kan worden. Dit zou leiden tot een wildgroei in nieuwe loinc codes wat niet beheerbaar is.
Dit probleem speelt minder bij de klinische chemie omdat daar het aantal verschillende materialen veel minder is.
Gelukkig is er een oplossing voor dit probleem. Loinc geeft d mogelijkheid om testen te definiëren in materiaal XXX. Dit leidt tot de volgende afspraak: Testen die onderling vergelken kunnen worden en die in vele verschillende materialen uitgevoerd kunnen worden krijgen bij voorkeur de loinc code met systeem XXX. Testen ie bij voorkeur in een specifiek materiaal worden uitgevoerd krijgen de code voor dat specifieke materiaal. bv serum bij serologische testen. Bij de keuze voor system XXX dient men zich ook te realiseren of de referentiewaarden voor de verschillende materialen overeenkomen. Dezefde loinc code voor testen met verschillende referentiewaarden kunnen in sommige LIMS sytemen voor problemen zorgen.

Een speciaal probleem zijn testen die in 2 verschillende materialen worden uitgeverd (bv Serum en liquor bij het berekenen van GWC ratio's) Het betreft eigenlijk 2 teseten die asl set worden aangevraagd en uitgevoerd waarbij het resultaat van de test samengesteld wordt uit beide observaties. Het zijn dus eigenlijk 2 testen met een interpretatie. Momenteel is nog niet volledig uitgekristalliseerd hoe hiermee om te gaan. (1 Loinc met een combinatie van systemen of meerdere loinc codes elk met hun eigen systeem.)

Voor serologische testen kan in de loinc tabel verschillende systemen gevonden worden, met name het systeem 'serum' of de combinatie 'serum of plasma'. Binnen de Nederlandse subset hebben we de afspraak gemaakt om de loinc code met systeem serum te kiezen voor serologische testen omdat dit het voorkeursmateriaal is waarin deze test wordt uigevoerd OOK als de test ook in plama kan worden verricht. De specificatie van het materiaal wordt dan elder in het bericht meegegeven (SPM segment, zie hieronder)
====Methode====
Dit veld in de loinc geeft de mogelijkheid om de methode te specificeren. Echter in sommige gevallen is de methode in loinc niet eenduidig o onvolledig gespecificeerd. Het beste voorbeeld zijn de serologische testen. Er worden verschillende werologische methoden onderscheiden in loinc zoals IA (immunoassay), IB (immunoblot), complement fixatie, enz) maar ook methode loze. Voor IA willen we vaak nog gespecificcerder aangeven welke method gebruikt is en daarvoor wordt het methode veld in het HL7 bericht gebruikt. Bij de serologische Loinc's gaat de voorkeur daarom uit om een methodeloze loinc te gebruiken en de methode in het bericht verder te specificeren. Mogelijk wordt in de toekomst nog een verdere specificering aangebracht.

===Specificeren van Materialen en Methode===
Zoals hierboven reeds is uitgelegd is loinc soms onvoldoende om de gewenste informatie te coderen of zou dat leiden tot een wildgroei aan nieuwe loinc code's. In dit soort gevalllen is er gekozen om deze extra informatie elders in het HL7 bericht te plaatsen.

====Materialen====
Materialen worden binnen EvT in het HL7 bericht meegegeven in het SPM segment. Het materiaal dient hier altijd gespecificeerd te worden OOK als deze reeds in de LOINC code gedefinieerd is. Het materiaal wordt binnen EvT gecodeerd dmv SNOMED-CT concepten. Het materiaal wordt gecodeerd dmv van ppst coordinatie. Dit wil zeggen dat een materiaal niet gedefineerd wordt door een enkel code maar dat deze gedefinieerd wordt over 5 assen. Deze assen zijn: de substantie (bv urine), de anatomische lokatie (bv urinewegen), de morfologische afwijking (bv wond), de wijze van verkrijgen (bv punctie) en de 'identity' oftewel het gebruikte apparaat (device, bv cathetertip). Daarnaast kan nog apart in het bericht de lateraliteit (links of rechts) meegegeven worden. De lijst met veel gebruikte materialen is beschikbaar via op de Nicitz site
[[https://labterminologie.nl/art-decor/lab-materials-methods?target=material]]

====Methode====

===Resultaat en Resultaatverzamelingen===

====Kwantitatieve testen en eenheden=====

====Ordinale resultaat verzamelingen====

====Organismen====