Brontekst bekijken van Onco:V1.0Implementatiegids-Pathologie-voor-MDO-Oncologie

==Inleiding==
Dit de implementatiegids voor pathologieberichten, i.h.k.v. oncologie voor IKNL uit te wisselen tussen pathologiesystemen en EPD’s. 

Status: Alles in dit document is voorlopig en kan nog wijzigen, met name de coderingen.
==Transacties==
De volgende transacties voor inzenden pathologieverslagen voor het MDO overleg oncologie worden onderscheiden
{| class="wikitable"
        
|-
| Pathologieuitslag mammabiopt || Verzending van de pathologieuitslag mammabiopt van UDPS naar het EPD
|-
| Addendum op pathologieuitslag mammabiopt || Verzending van een addendum op de pathologieuitslag mammabiopt van UDPS naar het EPD
|}
==Inhoud van het pathologieverslag (DiagnosticReport)==
===DiagnosticReport===
'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<DiagnosticReport xmlns="http://hl7.org/fhir">
    <id value="2.16.840.1.113883.2.4.3.46.99.8.2.1001"/>
    <meta>
        <profile value="http://www.iknl.fhir/transaction_uitslag_biopt_mamma_naar_mdo_20161112"/>
    </meta>
    <language value="nl-NL"/>
</syntaxhighlight>

Het rapport begint met identificaties en versies, en de gebruikte taal:
* Een uniek id. Dit moet een wereldwijd uniek id zijn. Hier gebruiken we OID's voor. In dit voorbeeld worden OID's gebruikt van de tak '2.16.840.1.113883.2.4.3.46.99.8.2', en voor ieder ingezonden verslagen wordt er een uniek nummer aan toegevoegd. De tak ('2.16.840.1.113883.2.4.3.46.99.8.2') moet een OID zijn die onder controle staat van de inzender en die zo gebruikt wordt dat ieder verslag een uniek id krijgt.
* Versie Pathologie standaard voor deze transactie
* Taal (altijd Nederlands)
===identifier===
'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<identifier>
    <system value="http://www.palga.nl/tnummers"/>
    <value value="T123456"/>
</identifier>
</syntaxhighlight>
Voor de identificatie van het verslag wordt het T-nummer meegestuurd.

TODO: De waarde voor 'system' is een voorlopige! Palga moet bepalen of deze of een andere URI voor system gebruikt wordt.
===text===
Iedere FHIR resource bevat een tekstuele weergave van de inhoud. Dat moet HTML zijn, bijvoorbeeld een table of list, maar mag ook een pre element met geformatteerde tekst zijn.

'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<text>
    <status value="generated"/>
    <div xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
        <table xmlns:xhtml="http://www.w3.org/1999/xhtml" xmlns:fhir="http://hl7.org/fhir">
            <tr>
                <td>Patient</td>
                <td>123456</td>
            </tr>
            <tr>
                <td>Aantal inzendingen</td>
                <td/>
            </tr>
            <tr>
                <td>Zijdigheid inzending</td>
                <td>Links</td>
            </tr>
...
</syntaxhighlight>
===contained===
Na text komen een aantal contained resources. Dit zijn onafhankelijke elementen, waarnaar vanuit het Report gerefereerd wordt (zie verderop). FHIR is gebaseerd op ‘resources’: losse componenten, die naar elkaar verwijzen. In dit geval worden alle resources opgenomen in dit FHIR bestand zelf. Het voordeel van deze aanpak is dat dezelfde componenten in een andere context ook gebruikt kunnen worden.
===Patient===
Patiëntgegevens. Voor uitwisseling in de zorg wordt het BSN gebruikt. Het id veld is een FHIR id voor gebruik binnen het FHIR document, niet het patiënt id. 

Voor patiënt volgen we de [https://simplifier.net/NL-BasicComponents/nl-core-patient nl-core-patient uit de NL-BasicComponents]

'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<Patient>
    <id value="nl-core-patient-example-1" />
    <identifier>
        <use value="official" />
        <system value="http://fhir.nl/fhir/NamingSystem/bsn" />
        <value value="123456782" />
    </identifier>
</Patient>
</syntaxhighlight>

=== Organisatie ===
Gegevens van het aanleverende ziekenhuis. 

Voor organisatie volgen we de [https://simplifier.net/NL-BasicComponents/nl-core-organization nl-core-organization uit de NL-BasicComponents]

'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<contained>
    <Organization>
        <id value="organization1"/>
        <identifier>
            <system value="http://ww.palga.nl/palga-nummer-lab"/>
            <value value="12341234"/>
        </identifier>
        <active value="true" />
        <name value="Test Laboratorium" />
    </Organization>
</contained>
</syntaxhighlight>

Een identifier is verplicht, daarvoor het PALGA nummer van het laboratorium gebruikt.

TODO: De waarde van system is voorlopig, PALGA dient deze vast te stelllen.
===Observation===
Iedere pathologieobservatie wordt een aparte, contained Observation.
'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<contained>
    <Observation>
        <id value="observation1-1"/>
        <status value="final"/>
        <code>
            <coding>
                <system value="http://decor.nictiz.nl/ns/oids/de"/>
                <code value="onco-dataelementv1-14670"/>
                <display value="Zijdigheid"/>
            </coding>
        </code>
        <subject>
            <reference value="#patient1"/>
        </subject>
        <valueCodeableConcept>
            <coding>
                <system value="http://snomed.info/sct"/>
                <code value="7771000"/>
                <display value="Links"/>
            </coding>
        </valueCodeableConcept>
        <specimen>
            <reference value="#inzending1"/>
        </specimen>
    </Observation>
</contained>
</syntaxhighlight>

In code/coding staat een codering van het type observatie. Deze codes kunnen IKNL codes uit ART DECOR zijn (zoals hier), Snomed codes, of Palga protocolelementnamen. Er kunnen meerdere codings aan een veld hangen. De codes die gebruikt gaan worden zijn:
* Voorlopig worden IKNL codes gebruikt voor de data-items, de Snomed CT codes worden in de toekomst uitgebreid & gebruikt. De lijst te gebruiken codes wordt door IKNL aangeleverd. (Opmerking: Er gaat naar verwachting op korte termijn een project starten waarin alle PALGA data-items en waardenlijsten voorzien worden van een SNOMED CT code. Deze kunnen dan gebruikt worden, zodra beschikbaar)
* Daarnaast worden de PALGA protocolelementnamen opgenomen, zodat altijd herleidbaar is met welk PALGA protocol-dataitem een data-item overeenkomt.  (Noot: in het voorbeeldbericht staan deze meestal nog niet gevuld.)

De id value is weer een id binnen het FHIR document en wordt toegekend door de leverancier. Deze waarde moet uniek zijn binnen het FHIR document. Verder worden er geen eisen aan gesteld.
Na de coding komt de waarde. Deze zit in een van deze velden:
* valueQuantity	
* valueCodeableConcept
* valueString
* valueRange
* valueRatio	
* valueSampledData
* valueAttachment
* valueTime
* valueDateTime
* valuePeriod
Voor gecodeerde concepten (de meeste) wordt een codesysteem aangegeven, de code en de display.
===Inzendingen===
Een pathologieverslag kan meerdere inzendingen betreffen. In FHIR worden deze weergegeven als een groep (Panel) van observaties.

'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<contained>
    <Observation>
        <id value="observation1-1"/>
        <status value="final"/>
        <code>
            <coding>
                <system value="http://decor.nictiz.nl/ns/oids/de"/>
                <code value="onco-dataelementv1-14670"/>
                <display value="Zijdigheid"/>
            </coding>
        </code>
        <subject>
            <reference value="#patient1"/>
        </subject>
        <valueCodeableConcept>
            <coding>
                <system value="http://snomed.info/sct"/>
                <code value="7771000"/>
                <display value="Links"/>
            </coding>
        </valueCodeableConcept>
        <specimen>
            <reference value="#inzending1"/>
        </specimen>
    </Observation>
</contained>
</syntaxhighlight>

De inzending bevat:
* Een id, deze mag een waarde bevatten die uniek is in het document en wordt door de leverancier bepaald.
* Een identifier, die het nummer van de inzending bevat. Deze is alleen uniek binnen het T-nummer.
Opmerking: In de xml uit de palga protocol module kunnen voor een data-item meerdere waarden worden vastgelegd op de volgende manier:
<pitem id="TypeAfwijking" vartype="string">niet eenduidig benigne laesie(s)|andere bevindingen</pitem> 
Deze worden in het FHIR bericht tweemaal opgenomen:
* Eenmaal als leesbare versie in het <text> element
* Eenmaal gecodeerd en dus machineleesbaar in de Observations
===Afwijkingen===
Een inzending kan 1 of meerdere afwijkingen bevatten. De gevonden afwijkingen per inzending worden in het FHIR-bericht weergegeven als een groep (Panel) van observaties.  

Dit heeft de volgende redenen: In de dataset uit de palga protocol module is de onderverdeling per type afwijking in de naam van het data-item terug te vinden: bijvoorbeeld GradDCIS is de graad die hoort bij Type Afwijking: CIS of CIS met microinvasie. GraderingBR is de graad die hoort bij Type Afwijking: Invasieve tumor. Uit de naamgeving van het data-item is af te leiden van welke type afwijking dit een kenmerk is.

Gewenst is voor generieke toepasbaarheid en beheersbaarheid dat in plaats van een afwijkings-specifieke naam, een generiek naam gebruikt wordt voor algemene kenmerken van een  tumor zoals graad. Wanneer in de toekomst een kenmerk voor een type afwijking wordt toegevoegd, hoeft dit niet voor elke type afwijking apart gedefinieerd te worden. 

Als tweede is voor het MDO gewenst  dat de kenmerken, die horen bij een bepaald type afwijking, gegroepeerd bij elkaar staan. Zie voor een toelichting figuur 1 en figuur 2 hieronder. Dit geeft snel een overzicht van de kenmerken van een bepaald type afwijking. Van belang hierbij is dat niet alle kenmerken op elk type afwijking van toepassing zijn. Bijvoorbeeld (lymf-)angioinvasie wordt alleen vastgelegd bij type afwijking is invasieve tumor en niet bij bijvoorbeeld type afwijking is CIS. Dit is toegelicht in figuur 2.

De afwijking zelf is, net als de inzending, een Observation (Panel ) met Observations.
'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
<contained>
    <Observation>
        <id value="afwijking1-1"/>
        <identifier>
            <value value="1"/>
        </identifier>
        <status value="final"/>
        <code>
            <coding>
                <system value="http://loinc.org"/>
                <code value="66110-8"/>
                <display value="Breast Pathology biopsy report"/>
            </coding>
        </code>
        <subject>
            <reference value="#patient1"/>
        </subject>
        <specimen>
            <reference value="#inzending1"/>
        </specimen>
        <related>
            <type value="has-member"/>
            <target>
                <reference value="#observation1-1-1"/>
            </target>
        </related>
        ...
    </Observation>
</contained>
</syntaxhighlight>
===Inhoud van het DiagnosticReport===
Vervolgens komt de feitelijke inhoud.
'''XML voorbeeld:'''
<syntaxhighlight lang="xml">
    <status value="final"/>
    <code>
        <coding>
            <system value="http://loinc.org"/>
            <code value="66110-8"/>
            <display value="Breast Pathology biopsy report"/>
        </coding>
    </code>
    <subject>
        <reference value="#patient1"/>
    </subject>
    <effectiveDateTime value="2016-10-11"/>
    <issued value="2016-10-11T12:30:21"/>
    <performer>
        <reference value="#organization1"/>
    </performer>
    <specimen>
        <reference value="#inzending1"/>
    </specimen>
    <specimen>
        <reference value="#inzending2"/>
    </specimen>
    <result>
        <reference value="#aantal-inzendingen"/>
    </result>
    <result>
        <reference value="#obs-inzending1"/>
    </result>
    <result>
        <reference value="#obs-inzending2"/>
    </result>
</DiagnosticReport>
</syntaxhighlight>