Landingspagina Labcodeset

Handleiding Nederlandse Labcodeset

Labcodeset definities en regels

De Nederlandse Labcodeset bevat LOINC concepten die in Nederland gebruikt worden bij berichten tussen laboratoria onderling. Informatie over de samenstelling van de Nederlandse set en de afspraken rondom coderingen (codeerconventies) van microbiologische testen zijn hier te vinden.

De Nederlandse Labcode bevat:

• Het betreffende LOINC concept (Engelse variant).
• De vertaling naar Nederlands uit LOINC, mits daar aanwezig.
• Een Nederlandse Long Common Name, als deze bestaat in LOINC of is toegevoegd in de applicatie.
• Een koppeling aan een of meer materialen uit Snomed-CT.
• Eventueel een koppeling aan een of meer methoden.
• Eventueel een koppeling aan een uitkomst.
• Eventueel een commentaar met nadere toelichting.

Materiaal

Bij het toevoegen van een concept uit LOINC, wordt het LOINC System vertaald naar een Snomed CT materiaal met een vertaaltabel, waarbij het materiaal automatisch toegevoegd wordt. De vertaaltabel is te vinden op: https://labterminologie.nl/art-decor/loinc-snomed-mapping. Bij System='XXX' wordt géén materiaal toegevoegd, de gebruiker dient dit zelf te doen. Een Labcode met status 'active' en een LOINC concept met System='XXX' MOET een gekoppeld materiaal hebben.

In beginsel wordt er één materiaal gekoppeld, behoudens gevallen als 'Urine + Ser/Plas'. Daar worden meer Snomed materialen gekoppeld, behalve in gevallen waar Snomed een gecombineerd concept heeft (zoals "Acellular blood (serum or plasma) specimen (specimen)" voor Ser/Plas).

Bij materialen worden de volgende attributen opgeslagen, mits van toepassing op dat materiaal:

• Specimen substance (attribute)
• Specimen source topography (attribute)
• Specimen source morphology (attribute)
• Specimen source identity (attribute)
• Specimen procedure (attribute)

Methode

Methodes dienen geselecteerd te worden uit de SNOMED-tak 272394005 | Technique (qualifier value)|. Als daar methodes ontbreken kunnen die worden aangevraagd in het BITS-project 'SNOMED CT - beheer'. Het zal enige tijd vergen om alle methodes die nu in de methode-tabel staan, te koppelen. Voorlopig dwingen we het bestaan van een koppeling daarom niet af; maar als er een koppeling is, dan moet die een afstammeling zijn van 272394005 | Technique (qualifier value)|.

Uitkomst

Uitkomsten zijn:

• Eenheid: Alléén kwantitatieve bepalingen hebben een UCUM-eenheid; maar niet alle kwantitatieve bepalingen hebben een eenheid (bv. pH-waarde is een uitzondering). De tabel die nu in Labcodeset zit is volledig; UCUM-eenheid wordt gekozen uit die tabel.
• Ordinaal: er is al een aantal ordinale lijsten gedefinieerd.
• Nominaal: Er is één nominale lijst: die van micro-organismen. We gebruiken altijd de volledige lijst, niet een subset. Ook als LOINC een specifiek organisme noemt; want het kan best dat je bij het uitvoeren van die test toch een ander organisme ontdekt en dat wil je dan wel kunnen rapporteren.
• Met andere mogelijkheden in LOINC zoals Narrative en Document wordt niets speciaals gedaan.

Status van Labcode concepten

Labcode concepten ondergaan de volgende status-cyclus. 'Potential' is een status voor LOINC concepten die nog niet in de Labcodeset zitten, en dus potentieel lid gemaakt kunnen worden.

Users van de groep 'lab-admin' kunnen concepten die per abuis 'retired' zijn gemaakt, weer op 'draft' zetten. Daarnaast hebben alle concepten een LOINC status. Voor Labcodes die 'active' zijn, MOET de LOINC status ook 'ACTIVE' zijn.

Controles

Bij het 'active' maken van een concept worden de volgende controles uitgevoerd.

• Is de status overgang toegestaan?
• Heeft de ingelogde gebruiker een andere dan de laatste bewerker (4-ogen principe)? Deze controle geldt niet voor panels: wanneer de panel members active (en dus gecontroleerd) zijn, mag iedere user het panel active maken.
• Is er een ERROR of WARNING (zie hieronder)?

Is het antwoord op een van deze vragen nee, dan is active maken niet toegestaan. De controles worden ook uitgevoerd bij andere wijzigingen in het concept.

Errors

De volgende fouten worden gesignaleerd. Een concept met een ERROR kan niet 'active' gemaakt worden. Een concept met een WARNING kan alleen door een superuser 'active' gemaakt worden. Een ERROR wordt zichtbaar gemaakt met een uitroepteken op rood bordje, een WARNING is een oranje uitroepteken zonder bordje. De error zelf is leesbaar onder Details. Als er geen fouten zijn, verdwijnt de error vlag weer.

Status	Foutcode	Toelichting
ERROR	MISSING	Labcodeset concept uit Labcodeset bestaat niet in LOINC
ERROR	STATUS	LOINC concept heeft niet status 'ACTIVE' (en Labcodeset concept heeft niet status 'retired')
ERROR	NOUNIT	Labcodeset concept met schaal 'kwantitatief' ('Qn') heeft geen eenheid
WARNING	NOCOMP	LOINC concept heeft geen component in Nederlands
WARNING	PRERELEASE	LOINC concept heeft status PRERELEASE
ERROR	AXISCHANGE	Bij inlezen nieuwe LOINC release is een gewijzigde LOINC as gevonden: Deze fout wordt eenmalig gegenereerd en verdwijnt vanzelf bij een statuswijziging.
ERROR	NOMATERIAL	Aan System van LOINC concept is geen materiaal toegewezen in de LOINC-Snomed mapping tabel
ERROR	NOMAPPING	Er is geen LOINC System naar Snomed materiaal mapping voor dit Labcodeset concept
ERROR	NOPANEL	LOINC concept heeft type 'Panel', maar er wordt geen panel gevonden
ERROR	PANELMEMBER	LOINC concept is een panel maar sommige panel members zitten niet in de Labcodeset
ERROR	PANELSTATUS	LOINC concept is een 'active' panel maar sommige panel members zijn niet 'active'
ERROR	UNITREF	Er is een referentie naar een unit die niet meer bestaat
ERROR	MATERIALREF	Er is een referentie naar een materiaal dat niet meer bestaat
ERROR	METHODREF	Er is een referentie naar een methode die niet meer bestaat
ERROR	VALUESETREF	Er is een referentie naar een ordinale valueset die niet meer bestaat

LOINC Panels

LOINC Panels zijn sets van gerelateerde LOINC testen, die samen aangevraagd of uitgevoerd kunnen worden. Een voorbeeld is:

LOINC code	Component	Panel / lid
43135-3	17-Ketosteroiden & 17-Ketogen steroiden panel	Panel
27866-3	17-Ketogen steroiden	Lid
21038-5	17-Ketosteroiden	Lid
13362-9	Verzamelduur	Lid
3167-4	Monstervolume	Lid

De LOINC code 43135-3 is een Panel, die samengesteld is uit 4 testen.

Panel weergave

De Labcodeset kan geopend worden in normale weergave of Panel weergave. Bij normale weergave worden zoekresultaten getoond met het kopje 'Resultaten', in Panel weergave met de kop 'Panel'. In Panel weergave wordt een panel getoond, met alle onderdelen van dat Panel. Het Panel staat bovenaan, de Panel members zijn ingesprongen. De volgorde volgt de 'Sequence' zoals gedefinieerd in LOINC.

In normale weergave kan de status van een Panel niet gewijzigd worden. De Panel weergave kan geopend worden met de 'Verkenner' button naast de volledige name van een panel (button alleen zichtbaar bij panels). Panel weergave kan ook geopend worden met een link van de vorm:

   {hostname}/art-decor/labconcepts?search=43135-3&panel=true

In Panel weergave kan de status van een Panel wel gewijzigd worden. Als een Panel wordt toegevoegd (status 'potential' -> 'draft') worden alle elementen eronder ook op 'draft' gezet als ze nog geen onderdeel van de Labcodeset zijn. Zijn ze dat wel, dan behouden ze de bestaande status. Een Panel kan pas 'active' gemaakt worden als alle elementen eronder ook 'active' zijn. In Panel weergave wordt altijd ook gezocht in LOINC, omdat ook elementen die bij het Panel horen, maar (nog) geen onderdeel zijn van de Labcodeset getoond moeten worden. Daarom staan de status filters ook uit. In Panel weergave worden dus alle concepten getoond.

Lokale panels

LOINC staat het aanpassen van panels onder bepaalde condities toe. Zie voor details de LOINC Users Guide: "Business rules for users mapping their local panels to LOINC panels"

Dit wordt ondersteund in de applicatie. In de Panel weergave is boven de lijst concepten een knop 'Maak lokaal panel' te zien (als panel draft of update is). Deze maakt een lokale (Nederlandse) kopie van het panel. Als er al een lokale kopie van het panel is, zie je een 'Verwijder lokaal panel' knop. Let op: verwijderen kan niet ongedaan gemaakt worden!

Bij een lokaal panel in Panel weergave zitten meer knoppen onder de lijst met concepten (direct onder het kopje 'Details'). Panel members die niet 'R' (required) zijn, kunnen verwijderd worden (of als ze al verwijderd zijn, weet toegevoegd). Er concept kan ook vervangen worden door een ander concept. Daartoe moet het nieuwe concept id eerst opgezocht worden. Daarna kan het ingevoerd worden na de 'Vervang' knop.

In dit voorbeeld is een lokaal panel te zien waar concept '51733-4' is verwijderd en 'Hemoglobine [massa/volume] in arterieel bloed' is vervangen door 'Hemoglobine [mol/volume] in arterieel bloed'.

Handleiding Applicatie

In de Nederlandse Labcodeset applicatie kan gezocht worden op concepten in de Labcodeset. Er zijn twee soorten gebruikers:

• guest, deze zijn niet ingelogd en kunnen alleen concepten met status 'active' zien
• beheerders, gebruikers die ingelogd zijn en lid van group 'lab', deze kunnen alle concepten zien en wijzigen.

Zoeken

Zoeken op concepten gebeurt door het invoeren van een zoekstring en op Enter te drukken of op 'Zoeken' te klikken. Mogelijke zoekstrings zijn:

• op naam, b.v. 'fungus' of 'schimmel'
• op LOINC code, b.v. '21003-9'
• op LOINC System, b.v. 'Saliva' of 'Speeksel'
• op LOINC class, b.v. 'PANEL.CHEM'
• alles zoeken: '*' - dit is met name zinvol in combinatie met een status, b.v. alle 'draft' concepten zoeken
• zoeken op concepten met fouten (vinkje voor uitroepteken)
• zoeken op concepten met comments (vinkje voor bubbel)

Wanneer er meer dan 100 zoekresultaten zijn, worden alleen de eerste 100 getoond. De gebruiker kan dan kiezen om de zoektermen te verfijnen voor minder resultaten, of alles te tonen.

Resultaten worden getoond als de zoekstring voorkomt in een van de volgende LOINC velden, of in een gekoppeld materiaal of methode:

• longName
• shortName
• component
• timing
• scale
• property
• system
• method
• material
• class

Ingelogde gebruikers kunnen verder selecteren op status met de vinkjes voor status naast het zoekveld. Standaard wordt alleen gezocht in de Labcodeset. Ook kan gezocht worden op concepten in LOINC door het aanvinken van 'zoeken LOINC'. In dat geval worden alle concepten uit LOINC getoond. Wanneer het concept alleen in LOINC bestaat, maar niet in de Labcodeset wordt een open bol (status 'potential') getoond. Wanneer het concept ook in de Labcodeset bestaat, wordt de status uit de Labcodeset getoond.

Geavanceerd zoeken

Het is mogelijk te zoeken met een query syntax. Wanneer de vink 'Zoeken LOINC' aan staat, wordt de geavanceerde syntax genegeerd.

Voorbeelden:

• Zoek naar 'hemo' maar niet in system 'urine' en alleen scale 'ordinaal':

hemo -sys:urine sca:ordinaal

• Zoek naar alles in system 'bloed' of 'arter' (van: 'arterieel bloed') met error 'nounit' (geen eenheid)

* sys:bloed sys:arter err:nounit

Gezocht kan worden op:

• pro[perty]
• tim[ing]
• sys[tem]
• sca[le]
• cla[ss]
• err[or]

Alleen de eerste drie karakters worden beoordeeld. Er worden resultaten weergegeven die beginnen met wat na de as komt, dus 'sys:art' geeft alles weer waarvan system met 'art' begint. Dit geldt niet voor errors, daar moet een hele error code opgegeven worden. Alles wordt omgezet naar kleine letter, dus 'XXX' is hetzelfde als 'xxx'.

• Negatieve zoektermen (die beginnen met '-') worden uitgesloten uit de zoekresultaten. Dus bij '-sys:bloed -sys:urine' worden noch urine, noch bloed getoond.
• Positieve zoekterm worden ingesloten, dus 'sys:bloed sys:urine' laat alles zien waarvan het system 'bloed' of 'urine' is.
• '+sys:bloed +sys:urine' is equivalent aan 'sys:bloed sys:urine'.

Bewerken door beheerders

Een gebruiker die lid is van groep 'lab' (dit wordt gedefinieerd in de database bij het aanmaken van de user) kan concepten toevoegen. Dit gebeurt door te zoeken in LOINC, en een concept met status 'potential' op 'draft' te zetten.

Concepten in de Labcodeset kunnen van status gewijzigd worden. Als een concept op 'draft' gewijzigd wordt naar 'rejected', wordt het verwijderd uit de Labcodeset.

Een concept kan alleen 'active' gemaakt worden door een andere user dan degene die het 'draft' dan wel 'update' heeft gemaakt. Dit is het vier-ogen-principe: concepten in de Labcodeset moeten door twee personen zijn bekeken.

Onderhoud

Nieuwe LOINC release

Wanneer er een nieuwe release van LOINC geïnstalleerd is, moeten de concepten in de Labcodeset bijgewerkt worden. Dat gebeurt door een eXist gebruiker met 'dba' rechten, door het draaien van de XQuery (in helpers) 'update-from-loinc.xquery'.

Deze zal:

• LOINC concepten vervangen door de nieuwere LOINC concepten
• Controleren of status LOINC <> ACTIVE is voor concepten die wel active zijn in LCS
• Foutmelding toevoegen voor beide bovenstaande issue.

LET OP! Na draaien: controleren en verwijderen van old-data als alles goed gegaan is.

Bijwerken LOINC-Snomed mapping

In de LOINC-Snomed tabel (loincsystem-to-snomed.xml) zitten de mappings tussen LOINC System en Snomed concepten. Voor één LOINC System kunnen meerdere rijen voorkomen, b.v. LOINC System "Bld/Tiss" mapt op Snomed concept "Blood (Specimen)" en "Tissue (Specimen)". Na bijwerken van de tabel kan het zijn dat er concepten in de Labcodeset niet van de nieuwe materialen voorzien zijn. Deze moeten bijgewerkt worden, ofwel door de eindgebruikers (verwijderen uit LCS en opnieuw toevoegen) ofwel door een eXist admin met de XQuery add-materials-for-loincsystem.xquery.