Beheer microorganismen

Protocol ten behoeve van beheer lokale LIMS micro-organismen database

Voor het up-to-date houden van de lokale LIMS micro-organismen database van een MML en het voorkomen van vervuiling van deze database is het noodzakelijk een aantal criteria aan te houden voor het beheer van deze database.

Voor het toevoegen van een micro-organisme aan de LIMS database geldt het volgende:

1. Controleer of het micro-organisme terug te vinden is in de Nederlandse Nictiz-SNOMED-CT database (Dutch microorganism simple reference set) op de website: https://terminologie.nictiz.nl/art-decor/snomed-ct.

Zoek het micro-organisme op en controleer of het onderdeel uitmaakt van de Dutch microorganism simple reference set en controleer of er geen synoniem vermeld wordt die mogelijk al bekend is in de lokale database. Het m.o. mag worden toegevoegd aan de LIMS database. NB: indien het om een naamsverandering gaat, besluit dan gelijk wat te doen met de oude naam. De volgende opties zijn mogelijk:

• De oude naam blijft in het systeem, maar wordt inactief gemaakt. De nieuwe naam wordt aan de database toegevoegd.
• De oude naam wordt aangepast in de nieuwe naam.
• De oude naam blijft gehanteerd maar er wordt wel de juiste SNOMED-CT code aan gekoppeld, zodat naar ISIS-AR de nieuwe naam wordt gecommuniceerd.

2. Als het micro-organisme niet terug te vinden is als onderdeel van de Dutch microorganism simple reference set, controleer dan het bestaan van dit micro-organisme op https://dsmz.de en/of de https://bacterio.net. Voor een gist/schimmel kan de website https://mycobank.org geraadpleegd worden. Is het micro-organisme hier terug te vinden, dan kan deze worden toegevoegd aan de LIMS database. Controleer of het organisme onder een synoniem wel bekend is in SNOMED-CT. Stel de beheerders van Nictiz op de hoogte van het ontbreken van het m.o. in de Dutch microorganism simple reference set of van de voorkeursnaam als deze wel als synoniem aanwezig is. Zij zullen dan zorgen dat het m.o. wordt toegevoegd en een SNOMED-CT code krijgt.

3. Is het m.o. niet terug te vinden op genoemde websites, leg het m.o. dan aan de verantwoordelijke microbioloog voor, zodat deze kan beslissen wat er mee gedaan moet worden. Indien deze wil dat dit MO wordt opgenomen, dan wordt deze wens voorgelegd aan de beheerorganisatie. Indien akkoord, dan kan de Snomed-CT code door de beheerder worden aangevraagd en wordt het MO toegevoegd aan de Dutch microorganism simple reference set.

Voor het beheren/real-time up-to-date houden van de LIMS database geldt het volgende:

• Ieder half jaar wordt er een nieuwe SNOMED-CT release uitgebracht met de bijbehorende Nederlandse subset. Bij deze release zit ook informatie over de wijzigingen die hebben plaatsgevonden t.o.v. de vorige release. Controleer deze informatie op wijzigingen in naamgeving van m.o.’s en voer deze door in de LIMS database.
• Bij iedere update van de maldi-tof database wordt er aangegeven wat er veranderd is en of er nieuwe organismen zijn toegevoegd of gewijzigd. Deze informatie moet worden verstrekt aan de beheersorganisatie, zodat deze eventuele benodigde aanpassingen van de Dutch microorganism simple reference set kan doorvoeren.